全球冷藏集装箱缺口和冷藏集装箱运力不足是当前全球冷链面临的最大挑战，即冷链货物没有足够的集装箱装运，或者一大批冷冻集装箱找不到适当的货轮装运，这是托运人感到最头痛的事情。随着全球海产品、冷冻食品和新鲜蔬果进出口贸易量不断增长，全球冷冻集装箱设备和运力均出现不足，其缺口正逐渐扩大。
全球集装箱船队运力中的冷藏箱位数量过去几年一直以年均10%比率增长，但是2009年仅仅增长1%，原因还是全球经济衰退。
虽然2009年全球大部分贸易航线冷藏箱货物运量比干货箱要坚挺得多，但全球冷藏箱产量与前两年相比却急剧跌落60%，冷藏箱出厂价格也下滑。其原因是多方面的，如集装箱设备原材料涨价、环境保护法律法规日益严格和集装箱制造商出于产值和收益考虑等。截至2009年12月31日，40英尺大容积冷藏箱均价为每只16400美元，比2008年6月份均价低15%，所幸的是比2009年9月均价高出2.5%，即集装箱出厂价格略有回升，令人感到一点鼓舞。有关专家预计今年冷藏箱价格将维持平稳，其增长率也不会超过10%。
国际冷藏集装箱运输市场的专家指出，根据发展态势目前十分看好的全球冷藏集装箱运输市场其实处于产业不稳定状态。
航运大户投资提升冷藏箱运力
截至2009年底，全球冷藏箱设备拥有量达到170万标箱，其中大部分是远洋承运人自有箱，这是远洋承运人连续多年扩大投资购置集装箱设备，尤其是冷藏箱设备的结果。2008年全球远洋承运人购置新集装箱设备达到160000标准箱。而集装箱出租人同年购置新集装箱设备65000标准箱。2009年全球集装箱出租公司购置25000标箱的集装箱设备，相当于当年全球集装箱设备总产量的30%，而2009年远洋承运人购置大约45000标箱的集装箱设备。
截至2007年12月31日，全球集装箱出租公司的集装箱设备拥有量占全球集装箱设备运营总量的28.4%；截至2008年12月31日，全球集装箱出租公司集装箱设备拥有量为430000标准箱，占全球集装箱设备运营总量的25.6%，由此看出全球集装箱租赁公司的租赁箱在全球集装箱拥有总量中的份额并不见扩大，2009年仍然维持这个份额。
目前许多运输大户决定直接扩大投资，或者通过收购兼并地方冷链公司等手段，增加冷链集装箱设备运力，不断引进信息科学技术设施，不断优化全球冷链集装箱运输质量、效率和效益，以从根本上铲除当前仍然十分严峻的全球冷链集装箱运输经营管理结构缺陷。